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研究生教育是潍坊医学院最高层次的学历教育。1986年,学校被国务院学位委员会批准为硕士学位授予单位,2000年被批准为同等学力人员申请硕士学位和临床医学硕士专业学位授予单位,2012年,“公共卫生危机管理人才培养项目”经国务院学位委员会批准为博士研究生培养项目,2013年开始招收博士学位研究生。

学校现有服务国家特殊需求博士人才培养项目1个。设有基础医学、临床医学、公共卫生与预防医学、药学、生物学、护理学6个硕士学位授权一级学科,51个二级学科硕士点。人体解剖与组织胚胎学是山东省“泰山学者”设岗学科,整形与显微修复技术实验室是山东省重点实验室,外科学、人体解剖与组织胚胎学、影像医学与核医学、社会医学与卫生事业管理、医院统计学、卫生管理学是省级重点学科,应用药理学实验室、免疫学实验室、临床检验诊断学实验室、生物药物实验室、临床麻醉实验室是省级重点实验室,其中,应用药理学是山东省高校强化建设重点实验室。整形外科学、眼科学是山东省学科带头人设岗学科。优势学科群的建立,为研究生培养奠定了坚实基础。

学校拥有一支高水平的研究生导师队伍。中国工程院院士谢立信教授担任学校名誉院长、首席专家;中国工程院院士、79级校友于金明院士担任学校肿瘤研究所所长;学校先后引进泰山学者特聘教授及海外特聘专家5名;聘请了100余名国内外知名专家担任特聘教授或客座教授。有10人享受国务院政府特殊津贴。有博士研究生导师7人,硕士研究生导师596人。有山东省有突出贡献的中青年专家1人,省市级专业技术拔尖人才32人,省教学名师6人,省优秀教师11人,省高等学校重点学科首席专家1人,省中青年学术骨干18名。入选省理论人才“百人工程” 2人,4人为潍坊市首批卫生系统百名后备人才。学校拥有省级教学团队5个,省级科技创新培育团队1个,校级科技创新团队8个。经过多年建设,导师队伍素质不断提高,结构进一步优化,为研究生培养提供了有力保障。

近年来,学校以提高研究生培养质量为目标,深入实施研究生教育创新工程,不断加强学科建设、导师队伍建设和支撑条件建设,狠抓管理,推进研究生教育的规范化、制度化、科学化,研究生教育的质量和水平不断提升。经过多年发展,学校为国家培养和输送了大批高层次优秀人才。广大毕业生在各自的工作岗位上,以“志存高远、勤奋好学、知行统一、勇于创新”的优良学风,赢得了社会的广泛赞誉。